Aus dem geologischen Blickwinkel gehört das Gebiet des Projektes GECON zu den kompliziertesten Gebieten in ganz Mitteleuropa, wo unterschiedliche geologische Prozesse vom Paläozoikum bis heute sichtbar werden.
Das GECON-Projekt-Gebiet entspricht der Euroregion Neiße ohne deren östlichste und westlichste Teile . In diesem Gebiet lassen sich fünf geologische Einheiten unterscheiden: altpaläozoische Magmatite, paläozoische Sedimente und Vulkanite, Kreidesedimente, känozoische Vulkanite und tertiäre bis quartäre Deckschichten. Eine der wichtigsten geologischen Strukturen der Region ist die Lausitzer Verwerfung (auch Lausitzer Überschiebung), welche ungefähr in der Mitte des Projektgebiets vom Nordwesten zum Südösten verläuft. Sie trennt die sogenannte Westsudetenscholle, zu der alle nordöstlich der Störung liegenden Einheiten gehören von der Nordböhmisch/Sächsischen Kreidesenke im Südwesten des Gebietes. Der nordöstliche Teil wird in der Geologie als Lausitzer Massiv bezeichnet. Dieses besteht vorwiegend aus altpaläozoischen Graniten und Granodioriten, die als Magmen in proterozoische Grauwacken eindrangen und weit unterhalb der Erdkruste als Tiefengesteine erstarrten. Sie bilden die ältesten Gesteine im ganzen Gebiet. Auf diesen Magmatiten liegen mehrere tertiäre Senken (z.B. Zittauer/Turoszower und Berzdorfer/Radomierzyce Becken) mit bedeutenden Braunkohlevorkommen. Am nördlichen Rand des Lausitzer Massivs beginnt die große innersudetische Senke. Hier stehen kreidezeitliche und tertiäre Sedimente an. Am südlichen Rand dieser Senke streichen ältere Gesteine aus, die im Innern der Innersudetischen Senke im Untergrund zu suchen sind. In schmalen Zonen sind zunächst triassische Gesteine und weiter nach Süden terrestrische Brekzien, Sandsteine und Schluffsteine, die das aride Klima des Perms kennzeichnen. Noch weiter südlich am Nordrand des Isergebirges finden sich marine Sedimente des jüngeren Karbons. In diese Sedimente sind verschiedene Vulkanite eingeschaltet, insbesondere Rhyolithe und Melaphyre. Zum Rand des Isergebirges hin wurden die Gesteine immer stärker einer Metamorphose unterzogen. Es treten Schiefer und Gneise auf, die im Zentrum des Isergebirges von Graniten abgelöst werden, die die höchsten Gipfel des Isergebirges bilden.
In der Nähe der Lausitzer Verwerfung südlich von Liberec befindet sich eine sehr bunte Mischung von Gesteinen des Ješděd-Massivs. Hier sind im Untergrund vor allem paläozoische Glimmerschiefer, Gneise, Quarzite, Kalksteine oder Schiefer zu finden.
Der südwestliche Teil des Projektgebiets ist ein Teil der Nordböhmisch/Sächsischen Kreidesenke und wird vor allem von Sandsteinen, Schluffsteinen, Schieferton und vereinzelt auch Konglomeraten aufgebaut. Die horizontal im flachen Meer der Oberkreidezeit abgelagerten Sedimente bilden heute Tafelberge oder Felstürme.
Das ganze Projektgebiet, beidseits der Lausitzer Verwerfung, ist durch Reste tertiärer Vulkane geprägt. Diese Vulkanbauten sind heute teilweise tief abgetragen. Dennoch zeugen Reste von Schlackenkegeln, Maarkratern, Lavaseen und Lavaströmen von einem aktiven Vulkanismus.
Im Quartär erreichten die nordischen Inlandvereisungen mehrmals das Gebiet und hinterließen zum Teil mächtige Ablagerungen. Davon zeugen heute zahlreiche Gesteine (Findlinge), die ursprünglich aus Skandinavien stammen und mit dem Gletscher hierher verfrachtet wurden. In den Bereichen ohne Vergletscherung herrschte im Pleistozän Dauerfrost. Hier wurden Löss und Sande abgelagert, sowie die Landschaft intensiv geglättet.
