Z geologického hlediska patří zájmové území projektu GECON k nejkomplikovanějším oblastem celé střední Evropy, kde se různé geologické procesy projevují od starohor až dodnes.
Zájmové území projektu GECON odpovídá euroregionu Nisa bez nejvýchodnějších a nejzápadnějších částí. Můžeme na něm rozlišit pět základních geologických jednotek: proterozoické vyvřeliny, paleozoické sedimenty a vulkanity, křídové sedimenty, kenozoické vulkanity a terciérní až kvartérní pokryv. Jednou z nejdůležitějších geologických struktur oblasti je Lužický zlom (Labský lineament) probíhající přibližně středem zájmového území od severozápadu na jihovýchod. Odděluje takzvanou západosudetskou kru, ke které patří všechny celky ležící severovýchodně od zlomu od severočesko-saské křídové pánve na jihozápadě území. Severovýchodní část území je v geologii označována jako lužický masiv. Je převážně tvořena proterozoickými granity a granodiority, které vyvěraly jako magma do protezoických drob a ztuhly hluboko pod zemským povrchem jako intruzivní horniny. Patří k nejstarším horninám na celém území. Na těchto vyvřelinách leží několik terciérních pánví (např. Žitavská, Turoszowská a další) s významnými zdroji hnědého uhlí. Na severním okraji lužického masivu pak začíná velká vnitrosudetská pánev. Sem patří křídové a terciérní sedimenty. Na jižním okraji pánve vystupují na povrch starší horniny, které jsou uvnitř vnitrosudetské pánve k nalezení v hlubokých vrstvách. V úzkých zónách se nacházejí nejprve triasové horniny a dále na jih terestrické brekcie, pískovce a prachovce, které ukazují na aridní klima permu. Ještě jižněji na severním okraji Jizerských hor se nacházejí mořské sedimenty mladšího karbonu. Do těchto sedimentů jsou včleněny různé vulkanity, především ryolity a melafyry. Směrem k okraji Jizerských hor podléhají horniny stále více metamorfóze. Vyskytují se zde břidlice a ruly, které ve středu Jizerských hor střídají granity, které tvoří nejvyšší vrchol Jizerských hor.
V blízkosti Lužického zlomu jižně od Liberce se nachází velmi pestrá směs hornin Ještědského masivu. Podloží zde tvoří především paleozoické svory, ruly, křemence, vápence nebo břidlice.
Jihozápadní část projektového území je částí severočesko-saské křídové pánve a je tvořena především pískovci, prachovci, jílovci a místy i konglomeráty. Horizontálně usazené sedimenty z mělkého moře svrchní křídy dnes vytváří stolové hory nebo skalní věže.
Celé projektové území je po obou stranách lužického zlomu formováno zbytky terciérních vulkánů. Tyto vulkanické útvary jsou dnes částečně silně zvětralé. Přesto svědčí zbytky sopečných kuželů, explosivních kráterů, lávových jezer a proudů o aktivním vulkanismu.
Ve čtvrtohorách na území několikrát dosáhlo evropského pleistocenního zalednění a zanechalo částečně mocné usazeniny. Svědčí o tom četné horniny (bludné balvany), které pocházejí původně ze Skandinávie a byly sem přineseny ledovcem. V oblastech bez zalednění panoval v pleistocénu permafrost. Zde se usazovaly spraše a písky a krajina byla intenzivně uhlazována.
