Z geologicznego punktu widzenia obszar zainteresowania projektu GECON jest jednym z najbardziej skomplikowanych w całej Europie Środkowej, kształtowanym przez różne procesy geologiczne od proterozoiku aż do dziś.
Obszar zainteresowania projektu GECON jest tożsamy z euroregionem Nysa, bez części położonych najdalej na wschód i na zachód. Możemy wyróżnić w nim pięć podstawowych jednostek geologicznych: proterozoiczne skały magmowe, skały paleozoiczne, osady kredowe, trzeciorzędowe skały wylewne oraz pokrywę czwartorzędową. Podstawową strukturą geologiczną regionu jest.
Uskok łużycki biegnący mniej więcej przez środek obszaru zainteresowania od północnego zachodu na południowy wschód i dzielący go na dwie główne części: północnowschodnią i południowozachodnią.
Część północnowschodnia składa się głównie z granitów proterozoicznych, które są najstarszymi skałami na całym obszarze. Na granitach leży kilka niecek trzeciorzędowych (Żytawska, Turoszowska i inne), w których znajdują się duże pokłady węgla. Na północnym skraju masywu granitowego zaczyna się duża niecka śródsudecka. Na wschód od granitowego masywu znajduje się niecka podkarkonoska, gdzie w młodszym karbonie osadzały się najpierw osady morskie, a następnie w jałowych warunkach skaliste zlepieńce, piaskowce i mułowce. Niektóre części niecki podkarkonoskiej pokryte są rozległymi pokładami skał wylewnych, głównie riolitów i melafirów. Na końcu czwartorzędu część północna znalazła się w strefie południowej granicy zlodowacenia plejstoceńskiego, o czym świadczą znaleziska kwarcytowych otoczaków pochodzących z Danii lub południa Szwecji.
W okolicach uskoku Łużyckiego występują bardzo zróżnicowane skały, typowe dla aktywnego obszaru geologicznego. Znajdziemy tu głównie paleozoiczne łupki metamorficzne, gnejsy, kwarcyty albo łupki, ale również formy subwulkaniczne i inne relikty aktywności wulkanicznej.
Południowozachodnia część obszaru zainteresowania ma bardziej jednolitą budowę i składa się głównie z osadów kredowych: piaskowców, mułowców, iłowców i miejscami konglomeratów.
Cały obszar zainteresowania, po obu stronach uskoku łużyckiego, przetkany jest trzeciorzędowymi skałami wylewnymi, najczęściej o charakterze bazaltowym, z zachowanymi do dzisiaj resztkami kominów wulkanicznych i płaszczowin. W dolinach rzek i na zboczach znajdują się cienkie warstwy młodszych osadów czwartorzędowych.
